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synced 2026-09-24 16:30:27 +08:00
Update test workflows to respect gxformat2 0.26.0 syntax (part 2)
This commit is contained in:
@@ -646,7 +646,7 @@ steps:
|
||||
inputs: []
|
||||
steps:
|
||||
- tool_id: multiple_versions
|
||||
tool_version: 0.1
|
||||
tool_version: "0.1"
|
||||
label: multiple_versions
|
||||
state:
|
||||
foo: bar
|
||||
@@ -780,7 +780,7 @@ inputs: []
|
||||
steps:
|
||||
- tool_id: create_2
|
||||
label: create_2
|
||||
outputs:
|
||||
out:
|
||||
out_file1:
|
||||
change_datatype: bam
|
||||
- tool_id: metadata_bam
|
||||
@@ -807,7 +807,7 @@ steps:
|
||||
steps:
|
||||
- tool_id: create_2
|
||||
label: create_2
|
||||
outputs:
|
||||
out:
|
||||
out_file1:
|
||||
change_datatype: bam
|
||||
outputs:
|
||||
@@ -906,7 +906,7 @@ inputs:
|
||||
collection_type: "list"
|
||||
steps:
|
||||
- tool_id: multiple_versions
|
||||
tool_version: 0.1
|
||||
tool_version: "0.1"
|
||||
label: multiple_versions
|
||||
state:
|
||||
foo: bar
|
||||
|
||||
@@ -13,6 +13,3 @@ steps:
|
||||
tool_id: validation_default
|
||||
in:
|
||||
input1: param_out/text_param
|
||||
outputs:
|
||||
out_file1:
|
||||
rename: "replaced_param_collection"
|
||||
|
||||
@@ -19,6 +19,6 @@ steps:
|
||||
in:
|
||||
input1:
|
||||
source: required_input
|
||||
outputs:
|
||||
out:
|
||||
out_file1:
|
||||
rename: "prefix_${optional_text}_suffix"
|
||||
|
||||
@@ -15,6 +15,6 @@ steps:
|
||||
$link: fastq_inputs
|
||||
reference:
|
||||
$link: fasta_input
|
||||
outputs:
|
||||
out:
|
||||
out_file1:
|
||||
rename: "#{fastq_input.fastq_input1 | basename} suffix"
|
||||
|
||||
@@ -10,7 +10,7 @@ steps:
|
||||
tool_id: create_2
|
||||
state:
|
||||
sleep_time: 0
|
||||
outputs:
|
||||
out:
|
||||
out_file1:
|
||||
rename: "${replaceme} name"
|
||||
out_file2:
|
||||
|
||||
@@ -22,7 +22,7 @@ steps:
|
||||
tool_id: create_2
|
||||
state:
|
||||
sleep_time: 0
|
||||
outputs:
|
||||
out:
|
||||
out_file1:
|
||||
rename: "${replacemeinner} name"
|
||||
out_file2:
|
||||
|
||||
@@ -11,7 +11,7 @@ steps:
|
||||
tool_id: create_2
|
||||
state:
|
||||
sleep_time: 0
|
||||
outputs:
|
||||
out:
|
||||
out_file1:
|
||||
rename: "${replaceme} name"
|
||||
out_file2:
|
||||
|
||||
@@ -444,7 +444,7 @@ steps:
|
||||
tool_id: cat
|
||||
in:
|
||||
input1: test_input
|
||||
outputs:
|
||||
out:
|
||||
out_file1:
|
||||
rename: "${pja_only_param} name"
|
||||
""")
|
||||
@@ -465,7 +465,7 @@ steps:
|
||||
tool_id: cat
|
||||
in:
|
||||
input1: test_input
|
||||
outputs:
|
||||
out:
|
||||
out_file1:
|
||||
rename: "${pja_only_param} name"
|
||||
""")
|
||||
@@ -489,7 +489,7 @@ steps:
|
||||
tool_id: cat
|
||||
in:
|
||||
input1: test_input
|
||||
outputs:
|
||||
out:
|
||||
out_file1:
|
||||
rename: "${pja_only_param} name"
|
||||
""")
|
||||
|
||||
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