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<datatypes>
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<datatype extension="ab1" type="galaxy.datatypes.images:Ab1" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true"/>
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|
<datatype extension="axt" type="galaxy.datatypes.sequence:Axt" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="bed" type="galaxy.datatypes.interval:Bed" display_in_upload="true">
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<converter file="bed_to_gff_converter.xml" target_datatype="gff"/>
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<converter file="interval_to_coverage.xml" target_datatype="coverage"/>
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</datatype>
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<datatype extension="binseq.zip" type="galaxy.datatypes.images:Binseq" mimetype="application/zip" display_in_upload="true"/>
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<datatype extension="coverage" type="galaxy.datatypes.coverage:LastzCoverage" display_in_upload="true"/>
|
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<datatype extension="customtrack" type="galaxy.datatypes.interval:CustomTrack"/>
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<datatype extension="csfasta" type="galaxy.datatypes.sequence:csFasta" display_in_upload="true"/>
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<datatype extension="data" type="galaxy.datatypes.data:Data" mimetype="application/octet-stream"/>
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|
<datatype extension="fasta" type="galaxy.datatypes.sequence:Fasta" display_in_upload="true">
|
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<converter file="fasta_to_tabular_converter.xml" target_datatype="tabular"/>
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</datatype>
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<datatype extension="fastqsolexa" type="galaxy.datatypes.sequence:FastqSolexa" display_in_upload="true">
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<converter file="fastqsolexa_to_fasta_converter.xml" target_datatype="fasta"/>
|
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<converter file="fastqsolexa_to_qual_converter.xml" target_datatype="qual"/>
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</datatype>
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<datatype extension="genetrack" type="galaxy.datatypes.tracks:GeneTrack"/>
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<datatype extension="gff" type="galaxy.datatypes.interval:Gff" display_in_upload="true">
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<converter file="gff_to_bed_converter.xml" target_datatype="bed"/>
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</datatype>
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<datatype extension="gff3" type="galaxy.datatypes.interval:Gff3" display_in_upload="true"/>
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<datatype extension="gif" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="image/gif"/>
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<datatype extension="gmaj.zip" type="galaxy.datatypes.images:Gmaj" mimetype="application/zip"/>
|
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<datatype extension="html" type="galaxy.datatypes.images:Html" mimetype="text/html"/>
|
|
<datatype extension="interval" type="galaxy.datatypes.interval:Interval" display_in_upload="true">
|
|
<converter file="interval_to_bed_converter.xml" target_datatype="bed"/>
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|
</datatype>
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<datatype extension="jpg" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="image/jpeg"/>
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<datatype extension="laj" type="galaxy.datatypes.images:Laj"/>
|
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<datatype extension="lav" type="galaxy.datatypes.sequence:Lav" display_in_upload="true"/>
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<datatype extension="maf" type="galaxy.datatypes.sequence:Maf" display_in_upload="true">
|
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<converter file="maf_to_fasta_converter.xml" target_datatype="fasta"/>
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|
<converter file="maf_to_interval_converter.xml" target_datatype="interval"/>
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|
</datatype>
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<datatype extension="pdf" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="application/pdf"/>
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<datatype extension="png" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="image/png"/>
|
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<datatype extension="qual" type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScore" display_in_upload="true"/>
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<datatype extension="scf" type="galaxy.datatypes.images:Scf" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true"/>
|
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<datatype extension="taxonomy" type="galaxy.datatypes.tabular:Taxonomy" display_in_upload="true"/>
|
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<datatype extension="tabular" type="galaxy.datatypes.tabular:Tabular" display_in_upload="true"/>
|
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<datatype extension="txt" type="galaxy.datatypes.data:Text" display_in_upload="true"/>
|
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<datatype extension="blastxml" type="galaxy.datatypes.xml:BlastXml" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="txtseq.zip" type="galaxy.datatypes.images:Txtseq" mimetype="application/zip" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="wig" type="galaxy.datatypes.interval:Wiggle" display_in_upload="true"/>
|
|
<!-- EMBOSS TOOLS -->
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<datatype extension="acedb" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="asn1" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
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|
<datatype extension="btwisted" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
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|
<datatype extension="cai" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
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|
<datatype extension="charge" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="checktrans" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="chips" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="clustal" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="codata" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="codcmp" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="coderet" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="compseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
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|
<datatype extension="cpgplot" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="cpgreport" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="cusp" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
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|
<datatype extension="cut" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
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|
<datatype extension="dan" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="dbmotif" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="diffseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
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<datatype extension="digest" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="dreg" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="einverted" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="embl" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="epestfind" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="equicktandem" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="est2genome" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="etandem" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="excel" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="feattable" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="fitch" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="freak" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="fuzznuc" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="fuzzpro" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="fuzztran" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="garnier" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="gcg" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="geecee" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="genbank" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="helixturnhelix" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="hennig86" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="hmoment" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="ig" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="isochore" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="jackknifer" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="jackknifernon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="markx10" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
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|
<datatype extension="markx1" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="markx0" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="markx3" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="markx2" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="match" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="mega" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="meganon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="motif" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="msf" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="nametable" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="ncbi" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="needle" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="newcpgreport" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="newcpgseek" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
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|
<datatype extension="nexus" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="nexusnon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="noreturn" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="pair" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="palindrome" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="pepcoil" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="pepinfo" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="pepstats" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="phylip" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="phylipnon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="pir" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="polydot" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="preg" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="prettyseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="primersearch" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="regions" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="score" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="selex" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="seqtable" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="showfeat" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="showorf" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="simple" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="sixpack" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="srs" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="srspair" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="staden" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="strider" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="supermatcher" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="swiss" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="syco" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="table" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="textsearch" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="vectorstrip" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="wobble" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="wordcount" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="tagseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<!-- Start RGenetics Datatypes -->
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<!-- genome graphs ucsc file - first col is always marker then numeric values to plot -->
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|
<datatype extension="gg" type="galaxy.datatypes.genetics:GenomeGraphs"/>
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|
<datatype extension="rgenetics" type="galaxy.datatypes.genetics:Rgenetics"/>
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|
<!-- linkage format pedigree (separate .map file) -->
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<datatype extension="lped" type="galaxy.datatypes.genetics:Lped"/>
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|
<!-- plink compressed file - has bed extension unfortunately -->
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|
<datatype extension="pbed" type="galaxy.datatypes.genetics:Pbed"/>
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|
<!-- eigenstrat pedigree input file -->
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<datatype extension="eigenstratgeno" type="galaxy.datatypes.genetics:Eigenstratgeno"/>
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|
<!-- eigenstrat pca output file for adjusted eigenQTL eg -->
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<datatype extension="eigenstratpca" type="galaxy.datatypes.genetics:Eigenstratpca"/>
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<!-- fbat/pbat format pedigree (header row of marker names) -->
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|
<datatype extension="fped" type="galaxy.datatypes.genetics:Fped"/>
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<!-- part of linkage format pedigree -->
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|
<datatype extension="lmap" type="galaxy.datatypes.genetics:Lmap"/>
|
|
<!-- phenotype file - fbat format -->
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|
<datatype extension="fphe" type="galaxy.datatypes.genetics:Fphe"/>
|
|
<!-- phenotype file - plink format -->
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|
<datatype extension="pphe" type="galaxy.datatypes.genetics:Pphe"/>
|
|
<datatype extension="snptest" type="galaxy.datatypes.genetics:Snptest"/>
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|
<datatype extension="snpmatrix" type="galaxy.datatypes.genetics:SNPMatrix"/>
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|
<datatype extension="xls" type="galaxy.datatypes.tabular:Tabular"/>
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|
<!-- End RGenetics Datatypes -->
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|
</registration>
|
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<sniffers>
|
|
<!--
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The order in which Galaxy attempts to determine data types is
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important because some formats are much more loosely defined
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than others. The following list should be the most rigidly
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defined format first, followed by next-most rigidly defined,
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|
and so on.
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-->
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<sniffer type="galaxy.datatypes.xml:BlastXml"/>
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|
<sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Maf"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Lav"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:csFasta"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScore"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Fasta"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:FastqSolexa"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Wiggle"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.images:Html"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Axt"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Bed"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.interval:CustomTrack"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Gff"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Gff3"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Interval"/>
|
|
</sniffers>
|
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</datatypes>
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