mirror of
https://github.com/galaxyproject/galaxy.git
synced 2026-09-24 16:30:27 +08:00
Daniel Blankenberg
8082c6f36f
Tools include: FASTQ Groomer convert between various FASTQ quality formats Combine FASTA and QUAL into FASTQ FASTQ joiner on paired end reads FASTQ splitter on joined paired end reads FASTQ to FASTA converter FASTQ Summary Statistics by column Filter FASTQ reads by quality score and length FASTQ Trimmer by column Manipulate FASTQ reads on various attributes Boxplot of quality statistics (Generic, with outliers)
247 lines
18 KiB
XML
247 lines
18 KiB
XML
<?xml version="1.0"?>
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|
<datatypes>
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<registration converters_path="lib/galaxy/datatypes/converters" display_path="display_applications">
|
|
<datatype extension="ab1" type="galaxy.datatypes.binary:Ab1" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="axt" type="galaxy.datatypes.sequence:Axt" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="bam" type="galaxy.datatypes.binary:Bam" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true">
|
|
<converter file="bam_to_bai.xml" target_datatype="bai"/>
|
|
<display file="ucsc/bam.xml" />
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|
</datatype>
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|
<datatype extension="bed" type="galaxy.datatypes.interval:Bed" display_in_upload="true">
|
|
<converter file="bed_to_gff_converter.xml" target_datatype="gff"/>
|
|
<converter file="interval_to_coverage.xml" target_datatype="coverage"/>
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|
<converter file="bed_to_interval_index_converter.xml" target_datatype="interval_index"/>
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|
<converter file="bed_to_genetrack_converter.xml" target_datatype="genetrack"/>
|
|
<!-- <display file="ucsc/interval_as_bed.xml" /> -->
|
|
<display file="genetrack.xml" />
|
|
</datatype>
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|
<datatype extension="bedstrict" type="galaxy.datatypes.interval:BedStrict">
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|
<display file="ucsc/interval_as_bed.xml" />
|
|
<display file="genetrack.xml" />
|
|
</datatype>
|
|
<datatype extension="binseq.zip" type="galaxy.datatypes.binary:Binseq" mimetype="application/zip" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="len" type="galaxy.datatypes.chrominfo:ChromInfo" display_in_upload="true">
|
|
<!-- no converters yet -->
|
|
</datatype>
|
|
<datatype extension="coverage" type="galaxy.datatypes.coverage:LastzCoverage" display_in_upload="true">
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|
<indexer file="coverage.xml" />
|
|
</datatype>
|
|
<datatype extension="customtrack" type="galaxy.datatypes.interval:CustomTrack"/>
|
|
<datatype extension="csfasta" type="galaxy.datatypes.sequence:csFasta" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="data" type="galaxy.datatypes.data:Data" mimetype="application/octet-stream"/>
|
|
<datatype extension="fasta" type="galaxy.datatypes.sequence:Fasta" display_in_upload="true">
|
|
<converter file="fasta_to_tabular_converter.xml" target_datatype="tabular"/>
|
|
</datatype>
|
|
<datatype extension="fastq" type="galaxy.datatypes.sequence:Fastq" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="fastqsanger" type="galaxy.datatypes.sequence:FastqSanger" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="fastqsolexa" type="galaxy.datatypes.sequence:FastqSolexa" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="fastqsolid" type="galaxy.datatypes.sequence:FastqSolid" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="fastqillumina" type="galaxy.datatypes.sequence:FastqIllumina" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="genetrack" type="galaxy.datatypes.tracks:GeneTrack">
|
|
<!-- <display file="genetrack.xml" /> -->
|
|
</datatype>
|
|
<datatype extension="gff" type="galaxy.datatypes.interval:Gff" display_in_upload="true">
|
|
<converter file="gff_to_bed_converter.xml" target_datatype="bed"/>
|
|
</datatype>
|
|
<datatype extension="gff3" type="galaxy.datatypes.interval:Gff3" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="gif" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="image/gif"/>
|
|
<datatype extension="gmaj.zip" type="galaxy.datatypes.images:Gmaj" mimetype="application/zip"/>
|
|
<datatype extension="html" type="galaxy.datatypes.images:Html" mimetype="text/html"/>
|
|
<datatype extension="interval" type="galaxy.datatypes.interval:Interval" display_in_upload="true">
|
|
<converter file="interval_to_bed_converter.xml" target_datatype="bed"/>
|
|
<converter file="interval_to_bedstrict_converter.xml" target_datatype="bedstrict"/>
|
|
<indexer file="interval_awk.xml" />
|
|
<!-- <display file="ucsc/interval_as_bed.xml" /> -->
|
|
<display file="genetrack.xml" />
|
|
</datatype>
|
|
<datatype extension="jpg" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="image/jpeg"/>
|
|
<datatype extension="laj" type="galaxy.datatypes.images:Laj"/>
|
|
<datatype extension="lav" type="galaxy.datatypes.sequence:Lav" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="maf" type="galaxy.datatypes.sequence:Maf" display_in_upload="true">
|
|
<converter file="maf_to_fasta_converter.xml" target_datatype="fasta"/>
|
|
<converter file="maf_to_interval_converter.xml" target_datatype="interval"/>
|
|
</datatype>
|
|
<datatype extension="pdf" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="application/pdf"/>
|
|
<datatype extension="png" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="image/png"/>
|
|
<datatype extension="qual" type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScore" />
|
|
<datatype extension="qualsolexa" type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScoreSolexa" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="qualillumina" type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScoreIllumina" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="qualsolid" type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScoreSOLiD" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="qual454" type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScore454" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="sam" type="galaxy.datatypes.tabular:Sam" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="scf" type="galaxy.datatypes.binary:Scf" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="sff" type="galaxy.datatypes.binary:Sff" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="taxonomy" type="galaxy.datatypes.tabular:Taxonomy" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="tabular" type="galaxy.datatypes.tabular:Tabular" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="txt" type="galaxy.datatypes.data:Text" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="blastxml" type="galaxy.datatypes.xml:BlastXml" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="txtseq.zip" type="galaxy.datatypes.data:Txtseq" mimetype="application/zip" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="wig" type="galaxy.datatypes.interval:Wiggle" display_in_upload="true">
|
|
<converter file="wiggle_to_array_tree_converter.xml" target_datatype="array_tree"/>
|
|
<converter file="wiggle_to_simple_converter.xml" target_datatype="interval"/>
|
|
</datatype>
|
|
<datatype extension="array_tree" type="galaxy.datatypes.data:Data" />
|
|
<datatype extension="interval_index" type="galaxy.datatypes.data:Data" />
|
|
<!-- Start EMBOSS tools -->
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|
<datatype extension="acedb" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="asn1" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="btwisted" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="cai" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="charge" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="checktrans" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="chips" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="clustal" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="codata" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="codcmp" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="coderet" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="compseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="cpgplot" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="cpgreport" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="cusp" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="cut" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="dan" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="dbmotif" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="diffseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="digest" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="dreg" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="einverted" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="embl" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="epestfind" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="equicktandem" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="est2genome" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="etandem" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="excel" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="feattable" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="fitch" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="freak" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="fuzznuc" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="fuzzpro" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="fuzztran" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="garnier" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="gcg" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="geecee" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="genbank" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="helixturnhelix" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="hennig86" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="hmoment" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="ig" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="isochore" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="jackknifer" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="jackknifernon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="markx10" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="markx1" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="markx0" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="markx3" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="markx2" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="match" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="mega" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="meganon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="motif" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="msf" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="nametable" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="ncbi" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="needle" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="newcpgreport" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="newcpgseek" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="nexus" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="nexusnon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="noreturn" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="pair" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="palindrome" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="pepcoil" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="pepinfo" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="pepstats" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="phylip" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="phylipnon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="pir" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="polydot" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="preg" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="prettyseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="primersearch" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="regions" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="score" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="selex" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="seqtable" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="showfeat" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="showorf" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="simple" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="sixpack" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="srs" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="srspair" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="staden" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="strider" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="supermatcher" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="swiss" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="syco" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="table" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="textsearch" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="vectorstrip" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="wobble" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="wordcount" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<datatype extension="tagseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
|
|
<!-- End EMBOSS tools -->
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|
<!-- Start RGenetics Datatypes -->
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|
<datatype extension="affybatch" type="galaxy.datatypes.genetics:Affybatch" display_in_upload="true"/>
|
|
<!-- eigenstrat pedigree input file -->
|
|
<datatype extension="eigenstratgeno" type="galaxy.datatypes.genetics:Eigenstratgeno"/>
|
|
<!-- eigenstrat pca output file for adjusted eigenQTL eg -->
|
|
<datatype extension="eigenstratpca" type="galaxy.datatypes.genetics:Eigenstratpca"/>
|
|
<datatype extension="eset" type="galaxy.datatypes.genetics:Eset" display_in_upload="true" />
|
|
<!-- fbat/pbat format pedigree (header row of marker names) -->
|
|
<datatype extension="fped" type="galaxy.datatypes.genetics:Fped" display_in_upload="true"/>
|
|
<!-- phenotype file - fbat format -->
|
|
<datatype extension="fphe" type="galaxy.datatypes.genetics:Fphe" display_in_upload="true" mimetype="text/html"/>
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|
<!-- genome graphs ucsc file - first col is always marker then numeric values to plot -->
|
|
<datatype extension="gg" type="galaxy.datatypes.genetics:GenomeGraphs"/>
|
|
<!-- part of linkage format pedigree -->
|
|
<datatype extension="lmap" type="galaxy.datatypes.genetics:Lmap" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="malist" type="galaxy.datatypes.genetics:MAlist" display_in_upload="true"/>
|
|
<!-- linkage format pedigree (separate .map file) -->
|
|
<datatype extension="lped" type="galaxy.datatypes.genetics:Lped" display_in_upload="true">
|
|
<converter file="lped_to_fped_converter.xml" target_datatype="fped"/>
|
|
<converter file="lped_to_pbed_converter.xml" target_datatype="pbed"/>
|
|
</datatype>
|
|
<!-- plink compressed file - has bed extension unfortunately -->
|
|
<datatype extension="pbed" type="galaxy.datatypes.genetics:Pbed" display_in_upload="true">
|
|
<converter file="pbed_to_lped_converter.xml" target_datatype="lped"/>
|
|
</datatype>
|
|
<datatype extension="pheno" type="galaxy.datatypes.genetics:Pheno"/>
|
|
<!-- phenotype file - plink format -->
|
|
<datatype extension="pphe" type="galaxy.datatypes.genetics:Pphe" display_in_upload="true" mimetype="text/html"/>
|
|
<datatype extension="rexpbase" type="galaxy.datatypes.genetics:RexpBase"/>
|
|
<datatype extension="rgenetics" type="galaxy.datatypes.genetics:Rgenetics"/>
|
|
<datatype extension="snptest" type="galaxy.datatypes.genetics:Snptest" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="snpmatrix" type="galaxy.datatypes.genetics:SNPMatrix" display_in_upload="true"/>
|
|
<datatype extension="xls" type="galaxy.datatypes.tabular:Tabular"/>
|
|
<!-- End RGenetics Datatypes -->
|
|
</registration>
|
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<sniffers>
|
|
<!--
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|
The order in which Galaxy attempts to determine data types is
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|
important because some formats are much more loosely defined
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than others. The following list should be the most rigidly
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defined format first, followed by next-most rigidly defined,
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|
and so on.
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|
-->
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|
<sniffer type="galaxy.datatypes.binary:Bam"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.binary:Sff"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.xml:BlastXml"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Maf"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Lav"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:csFasta"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScoreSOLiD"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScore454"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Fasta"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Fastq"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Wiggle"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.images:Html"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Axt"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Bed"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.interval:CustomTrack"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Gff"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Gff3"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Interval"/>
|
|
<sniffer type="galaxy.datatypes.tabular:Sam"/>
|
|
</sniffers>
|
|
</datatypes>
|