diff --git a/lib/galaxy/tools/apply_rules.xml b/lib/galaxy/tools/apply_rules.xml index 4d8adade3e2..1df0063d770 100644 --- a/lib/galaxy/tools/apply_rules.xml +++ b/lib/galaxy/tools/apply_rules.xml @@ -1,5 +1,5 @@ @@ -19,18 +19,28 @@ `__ (this link is to documentation that is pretty rough still). +More information about the rule processor in general can be found at `our training site`_. + +.. _our training site: https://training.galaxyproject.org/training-material/search?query=rule+builder + + .. class:: infomark diff --git a/lib/galaxy/tools/build_list.xml b/lib/galaxy/tools/build_list.xml index 9315cd335d4..e0a4074903c 100644 --- a/lib/galaxy/tools/build_list.xml +++ b/lib/galaxy/tools/build_list.xml @@ -1,8 +1,8 @@ - from one or more datasets + @@ -10,8 +10,8 @@ operation_2409 - - + + @@ -20,8 +20,33 @@ diff --git a/lib/galaxy/tools/extract_dataset.xml b/lib/galaxy/tools/extract_dataset.xml index 1b846eb47ac..3e066ebebec 100644 --- a/lib/galaxy/tools/extract_dataset.xml +++ b/lib/galaxy/tools/extract_dataset.xml @@ -1,8 +1,8 @@ - from a list + @@ -30,7 +30,7 @@ - + @@ -40,6 +40,22 @@ - datasets from a collection + @@ -34,7 +34,19 @@ - datasets from a collection + @@ -39,7 +39,23 @@ - from contents of a file + @@ -10,11 +10,11 @@ operation_3695 - + - - + + @@ -82,15 +82,69 @@ diff --git a/lib/galaxy/tools/flatten_collection.xml b/lib/galaxy/tools/flatten_collection.xml index 37a835e9ad8..999d9b887bb 100644 --- a/lib/galaxy/tools/flatten_collection.xml +++ b/lib/galaxy/tools/flatten_collection.xml @@ -1,8 +1,8 @@ - into a flat list of datasets + @@ -11,7 +11,7 @@ - + @@ -49,7 +49,23 @@ - into single list of datasets + @@ -59,7 +59,7 @@
+ help="Collection elements must have unique element identifiers, when appending how should unique identifiers be assured. See Help section below for examples."> @@ -275,7 +275,148 @@ - from contents of a file + @@ -10,7 +10,7 @@ operation_3096 - + @@ -22,7 +22,7 @@ - + @@ -137,23 +137,71 @@ diff --git a/lib/galaxy/tools/sort_collection_list.xml b/lib/galaxy/tools/sort_collection_list.xml index 866999760f1..222abf32869 100644 --- a/lib/galaxy/tools/sort_collection_list.xml +++ b/lib/galaxy/tools/sort_collection_list.xml @@ -1,8 +1,8 @@ - of list of datasets + @@ -12,10 +12,10 @@ - - - - + + + + @@ -142,7 +142,53 @@ - from contents of a file + @@ -80,21 +80,30 @@ diff --git a/lib/galaxy/tools/unzip_collection.xml b/lib/galaxy/tools/unzip_collection.xml index 3ede9257ddc..c3ceb0ff135 100644 --- a/lib/galaxy/tools/unzip_collection.xml +++ b/lib/galaxy/tools/unzip_collection.xml @@ -1,7 +1,8 @@ + @@ -9,7 +10,7 @@ operation_3359 - + @@ -17,13 +18,24 @@ + @@ -9,8 +10,8 @@ operation_3436 - - + + @@ -20,14 +21,25 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/static/images/tools/collection_ops/filter_empty.svg b/static/images/tools/collection_ops/filter_empty.svg new file mode 100644 index 00000000000..6e4be27b030 --- /dev/null +++ b/static/images/tools/collection_ops/filter_empty.svg @@ -0,0 +1,542 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/static/images/tools/collection_ops/filter_error.svg b/static/images/tools/collection_ops/filter_error.svg new file mode 100644 index 00000000000..fb4d01ad199 --- /dev/null +++ b/static/images/tools/collection_ops/filter_error.svg @@ -0,0 +1,927 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/static/images/tools/collection_ops/flatten.svg b/static/images/tools/collection_ops/flatten.svg new file mode 100644 index 00000000000..664dff4f552 --- /dev/null +++ b/static/images/tools/collection_ops/flatten.svg @@ -0,0 +1,978 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/static/images/tools/collection_ops/unzip.svg b/static/images/tools/collection_ops/unzip.svg new file mode 100644 index 00000000000..25047d07b37 --- /dev/null +++ b/static/images/tools/collection_ops/unzip.svg @@ -0,0 +1,1081 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/static/images/tools/collection_ops/zip.svg b/static/images/tools/collection_ops/zip.svg new file mode 100644 index 00000000000..1b037278606 --- /dev/null +++ b/static/images/tools/collection_ops/zip.svg @@ -0,0 +1,1081 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +